专门关押监犯的黑山监狱年久失修，欲将监犯搬运，六扇门接到任务帮忙。张一带着唐珂前往预备，不料监狱中临时关押的两个女犯却引来了一批奥秘杀手血洗铁牢，张一和唐珂无可奈何联合狱中监犯一起抗敌，等待救援……...

　　多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……...

　　神秘杀手杀死琴馆盲女，引出了逃亡在外的唐珂。追查中张一发现，仍有十枚毒火球流落江湖，并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣！危急时刻，玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。...

　　高丽叛军突起，大明援其火器并由高丽将军崔代元押送，不料途中被劫，六扇门玄武小组调查发现是监守自盗盖因崔之义女被叛军绑架，陷崔于两难境地。玄武小组为崔打动，誓在追回火器的同时救出人质，保其忠义两全！...

　　圣约翰大学实验室女教授于胜男（李若斯 饰）蒙受不白之冤，坚决相信她清白的探长钟朗（吕良伟 饰）趁夜协助胜男越狱。法租界总督察大发雷霆，持枪率队包围二人，关键时刻康华生（徐亮 饰）和洪小雅（马灿灿 饰）赶到，自告奋勇要劝说二人投降。一切始于十天前，胜男在清明时分重逢父亲的助手财叔（王志刚 饰），得知曾陷害父亲的陈达从狱中逃出，伺机夺取可能在胜男手中的细菌H5的资料。果不其然，丧心病狂的陈达对胜男...